ご指摘も頂いていましたが、先月末頃より恐らくniconico側での変更により、動画ダウンロードが始まらずタイムアウトになる現象が発生していました。

niconicoでは従来Smileと呼ばれるFlashプレーヤーを前提にした動画システムを使用していましたがその後一昨年からDMC(Dwango Media Cluster)と呼ばれる動画配信システムへ変更されていました。
ニコニコPodderでは初期から一貫してSmile動画を取得していたのですが、とうとうそれが止まっってしまった模様です。

ということでご迷惑をおかけしていますが、R1.3.16では「一部の」DMC対応を行い、当面の動画ダウンロードを行えるようにしました。
まだ残りの対応が残っているのですがまずは動作する版のリリースを優先しました。
なお特に古めの動画では「この動画はダウンロードできません」というエラーが発生する場合があります。完全にDMCに対応すれば問題は無くなるかと思いますが、しぱらくはご容赦下さい。

その他、これも以前からご質問頂いていた、購読申し込みのダイアログやライセンス表示のダイアログが空白になってしまう問題の原因が判明しましたので、修正を行っています。

ここのところ、万が悪い点もあるものの、利用者の皆さまにはご迷惑ばかりで申し訳ありません。引き続き対応は続けておりますので、どうぞご容赦下さい。
何かありましたらコメント欄までお寄せ下さい。

(追記 8/13 AM02:55)
インストーラー(msi)ファイルの更新を忘れており、404NotFoundエラーになっておりました。。
またブログへのコメント投稿なども設定ミスでエラーとなっていた模様で、申し訳ありませんでした。。